A Prefeitura de Casimiro de Abreu, por meio da Secretaria Municipal de Obras e Serviços Públicos, está realizando a limpeza de todos os córregos e rios do município. 
Em Barra de São João, o rio São João e seus afluentes também estão recebendo essa atenção. No entanto, por ser área de proteção permanente, o trabalho nos locais de estuário está sendo feito de barco a remo e catação manual onde estão sendo retirados cerca de dez sacos de resíduos que se acumulam nas raízes das árvores do manguezal, no fundo do rio e nas suas margens.
Nos afluentes que não estão em área de estuário o trabalho segue diariamente com auxílio de máquinas e pessoal.